大地爱好者水稻三系育种是利用核质互作雄性不育性。核基因R为可育，r为不育；细胞质基因N为可育，S为不育；当核基因和胞质基因同为隐性时，才会导致雄性不育。制种时，保持系和恢复系可进行自交繁殖，不育系通过保持系的授粉来繁殖，而恢复系给不育系授粉后可得到F1代水稻，即为杂交水稻。
要利用水稻的杂种优势，就一定要做到三系配套，不育系为大量生产杂交种子提供了可能性，借助保持系来繁殖不育系，让恢复系为不育系授粉来生产雄性恢复系且具有优势的杂交种。
此外水稻三系主要分为以下三种，1，雄性不育系：是一种雄性退化但雌蕊正常的母水稻，花粉没有活力，无法自花授粉和结实，只有依靠外来花粉才能受精结实，因此借助这种母水稻作为遗传工具，并人工辅助授粉便可大量生产杂交种子。2、保持系：将其花粉授给不育系后产生的后代仍为不育系。3、恢复系：将其花粉授给不育系后，产生的雄性杂交种可自交结实。