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水稻重金属超标不能食用，也不可做饲料，只能处理掉。目前，单一的修复技术是无法实现重金属污染治理，可采取“有机肥培肥土壤、钝化材料调酸降活、分蘖前期施硒根控、孕穗期淹水生理阻控”等主要农艺治理技术，做到良种良法配套。
1、耕作措施。土壤深翻。根据当地种植习惯、土壤类型和耕作层的深浅，可在春、秋整地时采取机械翻耕、深耕，将表层土壤翻埋到底层，增加耕层厚度至20cm左右。若稻田耕作层较浅，深耕以不破坏犁底层为准。深翻耕可采取一年一翻或两年一翻的频次，但砂质土壤和冷浸田不宜深翻耕。
2、灌溉管理。适当缩短水稻分蘖期的晒田时间，在孕穗至乳熟期保持田面淹水状态，水层维持在3-5厘米；尽量推迟灌浆成熟期的稻田排水时间至稻谷收获前7-10天。在重金属污染防治的地区也可开展稻田养鱼、稻田养虾等种养结合模式。
3、酸度调节。根据土壤酸化程度可通过施用石灰等碱性材料提高土壤pH值，降低重金属生物有效性，并根据土壤pH范围调整石灰等碱性材料用量。
4、施肥措施。按照《肥料合理使用准则通则》合理施肥。增施腐熟农家肥、商品有机肥、生物有机肥或含腐殖酸水溶肥料等提高土壤有机质含量。
5、钝化措施。合理使用土壤重金属钝化剂/材料等土壤调理剂/材料，优先选择施用以天然矿物质、农业废弃物、生物有机物料、碱性肥料、微生物菌剂等为原料的土壤调理剂/材料。
6、秸秆措施。在有条件的地区，应尽量采取措施从田间移除水稻秸秆，异地还田处理，也可将其粉碎发酵后用作作为花卉苗木床土基质，避免田间焚烧或直接还田。同时强化施用有机肥培肥地力。