水杉树叶子像鸟的羽毛,长4-15厘米,线形,交互对生,冬季与枝一同脱落。水杉是乔木,高达35米,树干基部常膨大;大树裂成长条状脱落,小枝下垂,幼树树冠尖塔形,枝叶稀疏,老树树冠广圆形;树皮灰色、灰褐色或暗灰色;球果下垂,成熟前绿色,熟时深褐色;种鳞木质,通常11-12对,交叉对生;种子扁平,倒卵形;花期2月下旬,球果11月成熟。
水杉多生于山谷或山麓附近地势平缓、土层深厚、湿润或稍有积水的地方,耐寒性强,耐水湿能力强,在轻盐碱地可以生长为喜光性树种,根系发达,生长的快慢常受土壤水分的支配,在长期积水排水不良的地方生长缓慢,树干基部通常膨大和有纵棱。
水杉喜气候温暖湿润,夏季凉爽,冬季有雪而不严寒,并且产地年平均温度在13℃,极端最低温-8℃,极端最高温24℃左右,无霜期230天;年降水量1500毫米,年平均相对湿度82%。土壤为酸性山地黄壤、紫色土或冲积土,pH值4.5~5.5。
水杉是世界上珍稀的孑遗植物。远在中生代白垩纪,地球上已出现水杉类植物,并广泛分布于北半球。水杉有“活化石”之称。它对于古植物、古气候、古地理和地质学,以及裸子植物系统发育的研究均有重要的意义。