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1、外观不同：公甲鱼的尾巴较细长，而母甲鱼的尾巴又短又粗；公甲鱼的背甲较薄，而母甲鱼较厚；公甲鱼的后肢距离比较窄，而母甲鱼的后肢距离比较宽。2、体重：年龄相同的情况下，公甲鱼比母甲鱼的体重要重。3、繁殖期表现：在交配的过程中，公的甲鱼喜欢爬到母甲鱼的背上，有时喜欢咬母甲鱼的脖子。母甲鱼会在公甲鱼的下方。
在自然环境中，甲鱼喜欢栖息于水质清洁的江河、湖泊、水库、池塘等水域，风平浪静的白天常趴在向阳的岸边晒太阳（俗称晒背），利用阳光中的紫外线杀死体表的致病菌，促进受伤体表的愈合，并通过晒背提高体温，促进食物消化。
甲鱼非常胆小，对周围环境中的声响和物体的移动很敏感，一有风吹草动就潜入水底。甲鱼生性凶猛好斗，群体间侍强凌弱现象很普遍，食物缺乏时会残食同类。
甲鱼生长期间主要以肺呼吸，当水温低于15℃时，甲鱼就潜入池底淤泥开始冬眠，靠喉咙部的鳃状组织等辅助呼吸器官进行呼吸。杭嘉湖地区每年11月中旬到次年的4月中旬前后是甲鱼的冬眠期。