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物理清除法，就是手动给草缸除藻，先准备一个磁铁刷或是鱼缸刷，用这种刷子去刷，刷完之后立刻换水，可以立马见效，但是这种方法显然也是有缺点的，就是比较麻烦而且也很累，还有就是刷子到达不了的小角落清除不掉。
用除藻剂。这种除藻剂对水草上和沉木上的藻类效果非常好，但是会对缸中的生物和生态系统有一定程度的伤害。
生物除藻法。放些工具虾和工具鱼，其实这种方法才是提倡的，实用，就是除藻的时间相对前两种来说长点。当然不同的生物吃的藻类也是不一样的，比如黑壳吃绿藻，黑线飞狐吃黑毛藻等等。
缸中的磷或氮过多就会诱发类似于黑毛藻的藻类，所以草缸中养的鱼的数量不可过多也不要过少，一公升水一厘米鱼，这里的鱼指的是小型鱼。