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1、水质改良。芽孢杆菌具有很强的分解有机物、氨氮、亚硝酸盐,而且能分泌胞外酶分解养殖水中的粪便和残饵。对水质的和底质具有很好的改良效果。虾苗培育后期经常用芽孢杆菌和沸石粉一起改善水质。
2、抑制致病菌。芽孢杆菌在水体中一旦占据优势就会抑制有害菌的生长。而且进入动物肠道以后可以抑制致病菌使肠道ph值下降，并且大量耗氧使肠道维持厌氧环境起到控制致病菌的作用。
3、增强水产动物的免疫力。定期使用可以保持水质的菌相，抑制有害菌生长。保持水质稳定和水产动物的正常生长。
4、促进水产动物的生长，提高耳料利用。芽孢杆菌在水产动物的肠道繁殖会产生维生素、氨基酸、有机酸等参与动物的新陈代谢促进生长。
水产养殖芽孢杆菌正确的使用方法
1、使用方法
（1）在使用枯草芽孢杆菌前，可先用40-50倍的水（温度在20-30℃）进行稀释活化，一般需要2-4个小时，然后全池泼洒。
（2）首次的使用量一般为200-300g/亩，水质差时一般可使用400g/亩。
2、使用注意事项
（1）使用前需将增氧机打开至30分钟以上，建议在晴天下午时使用。
（2）如果没有增氧设备，需要严格控制使用量，不能多用。
（3）枯草芽孢杆菌不能和抗生素、杀虫剂、化学药品同时使用，最好间隔3天后再用。
水产芽孢杆菌多久用一次
1、水产芽孢杆菌大概3-4天使用1次。使用时可以用1公斤含菌量为1000亿/克的水产芽孢杆菌原粉加2两红糖混合后泼洒在水面，1公斤原粉可以作用于20亩面积的池塘。使用时一定要在晴天中午进行，泼洒后要开3-4个小时左右的增氧机。
2、水产芽孢杆菌不要与消毒及抗菌药物一起使用，使用前要先进行活化。活化主要是为了让芽孢休眠体快速萌发为营养体，同时促进细菌增殖，提高活菌数。使用时要适量，过量会导致水体缺氧。
3、水产芽孢杆菌的抗逆性比较强，经活化后可以迅速形成营养体，它能产生大量抑菌物质，比如多粘菌素、伊枯草素、几丁质酶等。这些抑菌物质不易产生抗药性，而且易溶于水，能够有效抑制或者杀灭水体中的弧菌等有害菌。