大地爱好者有机农业考虑到农业干预行动对农业生态系统的中长期影响。有机农业既生产粮食，又建立生态平衡，防止出现土壤肥力问题或虫害问题。有机农业采取积极的措施，而不是在问题发生之后才加以处理。
对土壤的好处:有机农业的核心是土壤养护方法，如轮作、间作、共生联系、覆盖作物、有机肥料和少耕制。这些方法鼓励土壤动植物生长，改善土壤形成和结构，建立更加稳定的耕作制度。反之又增加了养分和能量循环，提高了土壤保持养分和保持水的能力，弥补了矿物肥料的空缺。这样的管理技术在土壤侵蚀控制中也发挥重要作用:缩短土壤暴露于侵蚀力的时间、增加土壤生物多样性、减少养分损失、帮助保持和提高土壤生产率。作物吸收的养分通常由农场的再生资源弥补，但有时需要用外界的钾、硫、钙、镁和示踪元素补充有机土壤。
对水的好处:在许多农区，地下水受合成肥料和农药污染是一大问题。有机农业禁止使用合成肥料和农药，代之以有机肥料(如堆肥、家畜粪便、绿肥)和利用生物多样性(栽培的品种和长期植被)，改善了土壤结构和水的渗透。管理良好的有机农业保持养分的能力增强，大大减少了地下水被污染的风险。在一些污染严重的地区，政府(如法国和德国政府)大力鼓励转向有机农业，认为这是一项恢复措施。