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脱毒苗与普通苗的区别为感染不同、目的不同以及来源不同。感染不同，脱毒苗不易感染上代植株的基因病毒。而普通苗感染上代植株的基因病毒的概率较大。目的不同，脱毒苗的产生目的是为了获得高产。但普通苗的目的是为了种植。来源不同，脱毒苗利用生物技术措施，从感染病毒的植株中获得，而普通苗直接取自普通的植株的种子。
概念来源
根据科学家的长期研究，农作物品质衰退的原因主要是植物病毒的感染。为获得高产，生产中就必须培养出无病毒苗木，即脱毒苗木，这就是脱毒苗的概念。
我国的农业科技工作者，利用生物技术措施，从感染病毒的植株中获得了无病毒种植的苗木材料。如马铃薯植株的顶端分生组织很少或没有病毒，常采用顶端分生组织培养技术得到无病植株，即脱毒马铃薯。用这种植株结出的薯块来作原种，繁殖更多的无病毒种薯，供生产中大面积推广使用。
实际运用
脱毒苗技术也运用到了花卉、果树、魔芋等农业生产中，从而生产出优质无毒花卉球种、无病毒果树苗木等。