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使鸡舍里的鸡粪自然干到一定程度后将鸡粪堆积起来，然后再粪堆上面盖上一层膜布，防止在发酵的过程中水分流失过多，不利于发酵。再让鸡粪自然升温，内部温度达到75℃左右，然后将鸡粪堆摊开，温度降下来后再重新堆积起来，重复3次左右，鸡粪就基本腐熟可当做有机肥使用了。
鸡粪是一种比较优质的有机肥，其含纯氮、磷（P2O5）、钾（K2O）约为1.63%、1.54%、0.85%。鸡粪在施用前必须经过充分的腐熟，将存在鸡粪中的寄生虫及其卵，以及传染性的一些病菌通过在腐熟（沤制）的过程得到灭活。
由于鸡粪在腐熟的过程中产生高温，容易造成氮素损失。因此，在腐熟前要适量加水，以及加入5%的过磷酸钙，肥效会更好。腐熟的方法可将鸡粪投入粪池泡沤，也可以进行表面封土堆沤。鸡粪经充分腐熟后成为种植作物的优质基肥，或在种植果树中常作为冬季施下全年利用的基肥。