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番茄主要的病虫害有番茄晚疫病、病毒病、青枯病、灰霉病、绵腐病、棉铃虫、白粉虱等等。番茄晚疫病是由真菌引起的，主要危害叶片和果实，也能为害茎和叶柄，该病多发于高温高湿的环境，最适发温度18~25℃，相对湿度在95%以上，需清除病残体，发病季节及时摘除病叶病果深埋，收获后及时清除病残体。
病毒病：病毒病是由病毒引起的病害，在田间主要表现的症状是花叶、蕨叶、条纹、丛生、卷叶、黄顶，该病喜欢高温干旱环境，夜温和地温偏高，少雨，蚜虫多的时候发生较为严重，需科学管理，培育壮苗，增施磷钾肥，促进植株生长健壮，以提高抗病能力。
青枯病：青枯病是由细菌引起的，是细菌性维管束组织病害，初始顶部新叶萎蔫下垂，后下部叶片发展产生凋萎，接下来才是中部叶片产生凋萎，发病后叶片色泽较淡，呈青枯状，需加强肥水管理。整治排灌系统，高畦深沟栽培，防止漫灌串灌。