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从树形上看，黑骨香属于灌木类，树皮和树根都呈黑色，小叶紫檀属于乔木，树干较为通植，树皮呈深褐色。黑骨香的叶子较小，呈鸡心形，小叶紫檀叶子呈椭圆形或卵圆形。黑骨香颜色呈白色，小叶紫檀花色呈黄色。
1、树干区别
从树干上看，黑骨香属于灌木类，树皮和树根都呈黑色，木质非常坚硬。而小叶紫檀属于乔木，树干较为通植，树皮呈深褐色。会深裂呈成长方形薄片，树干的树叶呈深红色。
2、叶子区别
黑骨香的叶子较小，并且互生，呈鸡心形，叶子呈革质，叶色非常浓绿，它的新芽呈嫩红色。小叶紫檀通常由小叶3～5片形状一般为椭圆形或卵圆形，长度大约在9～15厘米。
3、花朵区别
黑骨香的花朵很小，颜色呈白色，通常生长在叶腋处。小叶紫檀的花朵颜色呈黄色或是带有黄色条纹，花期在每年11～12月份。
4、香味的区别
小叶紫檀本身带有檀香味，但这种味道是极为淡的，特别是年幼的幼苗，几乎闻不到这些味道，但黑骨香在生长过程中，汁液散发出来的香味非常的明显。