海草床是海洋生物的栖息地和重要食物链,具有稳固近海底质和海岸线的作用。海草床生态系统能改善海水的透明度,减少富营养质,为大量海洋生物提供栖息地,其中包括底栖动植物、深海动植物、附生生物、浮游生物、细菌和寄生生物,海草床更是鱼、虾及蟹等的生长场所和繁衍场所。海草床里的腐殖质特别多,也有利于海鸟的栖息。海草床是浅海水域食物网的重要组成部分,直接食用海草的生物包括儒艮、海胆、绿海龟、海马、鱼类等。
海草床资源保护区是开展海洋生态旅游的理想场所。生态旅游是以独特的自然资源为基础的高层次旅游活动,是令当地人民从保护自然资源中得到经济收益的一种旅游文化。海南的海草床资源作为独特的海洋生态系统,既可规划建设成生态自然保护区,又是开展海洋生态旅游的理想场所。
海草床资源可以带动相关高科技产业的发展。美国科学家通过基因工程技术,将海草中的基因注入陆地作物高粱的基因中,于1997年培植出第一批可用海水浇灌的新型高粱。德国科学家利用海草中含有的碳酸钙,于2001年制成性能几乎与人的骨头完全一样的人造骨,是理想的骨组织替代物。