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一般来说是先生根再发芽的。种子萌发过程分为4个步骤，包括吸胀，水与酶活化，突破种皮，另外还有长成幼苗。这是种子萌发过程的4个步骤，种子想要发芽，必须得吸收水分，这样才能让种子数量增加，种子有了透气性，才可以促进发芽。另外，种子还需要进行各种呼吸代谢，最终胚胎会突破种皮，慢慢的增长，最终长成幼苗，会长出根，茎以及叶。
种子发芽是先生根，后发芽。胚根伸长突出种皮，发育成根，不久，从这条根的周围又生出一些细根，这时，子叶以下的胚轴也在伸长，弯曲着拱出地面，当胚轴伸直的时候，顶端就带着两片子叶伸出土面，这就是由幼苗出土。胚芽逐渐发育成茎，茎上生叶，在阳光下，逐渐变成绿色，幼苗就能够独立生活。
一般情况下，在胚和胚乳发育的过程中，胚囊体积不断地扩大，以致胚囊外的珠心组织受到破坏，最后为胚和胚乳所吸收。所以在成熟的种子中没有珠心组织。但有些植物在种子发育过程中珠心组织保留下来，并储藏养料形成外胚乳。菠菜、甜菜、咖啡的成熟种子具有外胚乳。胡椒、姜的成熟种子兼有胚乳和外胚乳。