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外形，玲珑小番茄果实较为短小，千禧圣女果较为圆润饱满;品种，玲珑小番茄属于人工栽培的品种，千禧圣女果属于转基因品种;果实口感，玲珑圣女果口感为清淡，千禧圣女果口感较为酸甜;产地，千禧圣女果原产于中国台湾，经过改良好在大部分地区都可种植，全年都可结果。
1、外形区别
丛外形上看，玲珑小番茄果实较为短小，外形较为圆润娇小，体积比千禧圣女果要小，果实颜色呈深红色，圣女果果实呈长圆形，果实颜色较为丰富，呈红色、黄色、绿色等颜色。
2、品种不同
玲珑小番茄常常被称为小西红柿，属于人工栽培的品种，千禧圣女果又叫做千禧樱桃小番茄，属于转基因的品种，果实中的维生素含量较高，维生素含量高居果蔬之首。
3、果实口感
从果实的口感来看，玲珑圣女果果实偏向酸味，虽然酸味较为清淡，糖分也较少。千禧圣女果酸味很淡，但糖分较为充足并且维生素含量较高，口感较为酸甜，整体水分较多，口感较为酸甜可口。
4、产地区别
玲珑小番茄和千禧圣女果在产地上也有所差异，千禧圣女果原产于中国台湾，经过改良好在大部分地区都可种植，全年都可结果。玲珑圣果是一种改良的形的新品种，一般只在沿海热带地区栽种。