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水生植物可以吸收、富集水中的营养物质及其他元素，可增加水体中的氧气含量，或抑制有害藻类繁殖的能力，遏制底泥营养盐向水中的再释放，利于水体的生物平衡等。水生高等植物能有效地净化富营养化湖水，提高水体的自净能力。
根据水生植物的生活方式，一般将其分为以下几大类：挺水植物、浮叶植物，沉水植物和漂浮植物以及湿生植物。水生植物的恢复与重建在淡水生态系统的稳态转化中具有重要作用，是水生态修复的主要措施。
富营养化严重的水体中，藻类疯长，水质恶化。栽种水生植物后，同浮游藻类竞争营养物质及所需的光热条件，同时分泌出抑藻物质，破坏藻类正常的生理代谢功能，这样可提高水体透明度，促进沉水植物与共生菌的生长，进一步净化水质。
水生植物的根系发育非常微弱，在有的情况下几乎没有根，主要是水中的叶代替了根的吸收功能，如狐尾藻。水生植物以营养繁殖为主，如常见的作为饲料的水浮莲和凤眼莲等。有些植物即使不能营养繁殖，也依靠水授粉，如苦草。