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一、形状
一般种子的外形以球形（豌豆）、椭圆形（大豆）、肾脏形（菜豆）、牙齿形（玉米）、纺锤形（大麦）、扁椭圆形（蓖麻）、卵形或圆锥形（棉花）、扁卵形（瓜类）、扁圆形（兵豆）、楔形或不规则形（黄麻）等较为常见。其他比较稀少的有三棱形（荞麦）、螺旋形（黄花苜蓿的荚果）、近似方形（豆薯）、盾形（葱）、钱币形（榆树）、头颅形（椰子）。此外还有细小如鱼卵、带坚刺如菱角（菠菜）、其薄翅如蝴蝶（易西哥狼梳藤）、细小如尘埃（兰花）以及其他各种奇异形状。
二、颜色
种子由于含有各种不同的色素，往往呈现各种不同的颜色及斑纹，有的鲜明，有的黯淡，有的富有光泽。在实践上可根据不同的色泽来鉴别作物的种类和品种：例如大多数玉米品种的籽实呈橙黄色，有的品种则呈鲜黄色、浅黄色、玉白色、乳白色。大豆亦因品种不同而呈多种多样的颜色，如浅黄、淡绿、紫红、深褐以及黑色等。小麦品种根据外表颜色可分红皮及白皮两大类型，每种类型又有深浅明暗的差别。
因为种子所含色素存在于不同的部位：如紫稻的花青素，荞麦的黑褐色，存在于果皮内；而红米稻的红褐色，高粱的棕褐色则存在于种皮内；又如大麦的青紫色则存在于糊粉层内；玉米的黄色，则存在于胚乳内；也有某些种子的色素存在于子叶内，如青仁大豆的淡绿色等。
三、大小
一般种子的大小通常用籽粒的平均长、宽、厚或千粒重来表示。种子的长、宽、厚在清选上有特殊重要意义。而在农业生产上，则往往用其千粒重（或百粒重）作为衡量种子品质的主要指标之一。不同植物的种子，大小相差悬殊。就农作物而言，大粒蚕豆的千粒重可达2500克以上，而烟草种子的千粒重仅0.06～0.08克。如同一种作物因品种不同，种子大小的变异幅度也相当大，如小粒玉米的千粒重约50克，而大粒品种可达1000克以上。但主要农作物的种子千粒重大多数次20～50克之间。
种子的基本结构
不同植物所产生的种子在大小、形状颜色、彩纹和内部结构等方面有着较大的差异。如椰子的种子很大，其直径可达15~20 cm，而油菜、梦卜芝麻的种子则较小，烟草和兰花的种子则更小，犹如微细的沙粒；大豆、菜豆的种子为肾形.油菜、豌豆的种子为圆球形，蚕豆的种子为扁形，花生的种子为椭圆形;种子的颜色也各有不同，有纯为色的，如黄色、青色褐色白色或黑色等，也有具彩纹的，如蓖麻的种子。
植物种子是怎么传播的
1、靠风传播：有的植物种皮着生柔毛，会随风飘散、传播。
2、靠水传播：这类种子会漂浮在水面，经溪流传播。
3、机械、弹射传播：蒴果和角果的果实成熟后会开裂，会将种子弹射出去。
4、鸟类或其他动物传播：这类都是肉质果实，小鸟或其他动物会吃掉种子，随粪便排出传播。
5、自体播种：果实成熟会因重力作用掉落在地面进行传播。