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1、结构不同：自花授粉的花朵同时拥有雄蕊和雌蕊；异花授粉的花朵雄蕊和雌蕊不在同一个花朵中。2、特点不同：自花授粉的花朵授粉后，稳定性更高；异花授粉的花朵适应性更强，遗传性更丰富。3、传粉方式不同：自花授粉的植物，只能将花份传在同一朵花上，异花授粉的植物，能够将花传到其他植株的花朵上。
自花授粉的介绍
自花授粉是指同一朵花中，雄蕊的花粉落到雌蕊的柱头上，叫做自花传粉，也叫自交。有的花不待花苞张开，就已经完成了受精作用，这种现象称为闭花传粉和闭花受精现象。
自花传粉的植物必然是两性花，而且一朵花中的雌蕊与雄蕊必须同时成熟。
异花授粉的介绍
异花授粉是指异株、异花以及不同无性系之间的授粉。有的植物雄蕊和雌蕊不长在同一朵花里，甚至不长在同一株植物上，这些花就无法自行授粉了。
异花授粉的花粉传播主要是靠风力或昆虫，依靠昆虫传粉的花叫做虫媒花，如梨、苹果、桃、柑橘、南瓜、油菜等植物的花。